В 1409 году немецкие профессора и студенты, вынужденные в результате гуситских войн оставить Пражский университет, организовали университетскую корпорацию в Лейпциге. Университет был торжественно открыт 2 декабря 1409 года, а папская булла об открытии университета, подписанная Александром V, датируется 9 сентября 1409 года. Университет имел 4 традиционных факультета: изящных искусств, юридический, медицинский, теологический факультеты. С момента основания относится к наиболее популярным немецким университетам, в период Реформации представителям раннего гуманизма (Р. Крокус и П. Мозелланус) удалось впервые в университетском образовании преодолеть средневековую схоластику. В Лейпцигском университете учились Ульрих фон Гуттен и Томас Мюнцер. С 1661 года здесь учился, а затем преподавал Г. В. Лейбниц. В 1687 году К. Томазий впервые стал вести преподавание на немецком языке. В XVIII веке созданы анатомический театр, кафедра химии и экспериментальной физики. В XIX веке при Лейпцигском университете созданы многочисленные институты, лаборатории, комплекс научно-исследовательских учреждений. С приходом в 1933 году фашистов к власти Лейпцигский университет потерял свое значение как ведущий научный и учебный центр Германии. В 1953 году, в составе ГДР, университету было присвоено имя Карла Маркса (в 1991 году университету было возвращено первоначальное название).
В состав Лейпцигского университета входят 14 факультетов: теологический; юридический; истории, искусства и востоковедения; филологический; педагогический; философии и социологии; экономики и менеджмента; физической культуры и спорта; медицинский (включает университетскую больницу); математики и компьютерных технологий; биологических наук, фармацевтики и психологии; физики и геологии, химии и минералогии, ветеринарный; а также свыше 150 научно-исследовательских учреждений. Лейпцигский университет — один из крупнейших центров по изучению Азии и Африки. Наиболее известными считаются медицинский и филологический факультеты. В библиотеке университета (основана в 1543 году) свыше 3 млн томов (1973). В 2005 году в университете обучалось 29 тысяч студентов.
В университете учились Ф. Г. Клопшток, Г. Э. Лессинг, И. В. Гете, Жан Поль, Новалис, Фр. Шлегель, И. Г. Фихте, А. Н. Радищев, Ф. Ницше, Ф. Меринг и К. Либкнехт, специалист по горному делу Г. Агрикола, социолог Э. Дюркгейм, писатель Э. Кестнер, юрист С. Пуфендорф, композиторы Р. Шуман и Р. Вагнер, физик К. Ф. фон Вайцзеккер. В университете в разное время преподавали физиологи К. Людвиг (в его лаборатории работал И. П. Павлов) и П. Флексиг, психолог В. Вундт, химики Г. Кольбе, В. Ф. Оствальд (Нобелевская премия, 1909), экономисты К. Бюхер, В. Г. Ф. Рошер, философ Т. Литт, историк К. Лампрехт, филолог И. К. Готшед, физики В. Гейзенберг (Нобелевская премия, 1932, профессор теоретической физики в 1927-1941 годах), Г. Герц (Нобелевская премия, 1925), писатель К. Ф. Геллерт.