Кунин Евгений Викторович

Е.В. Кунин закончил биологический факультет МГУ в 1978 году по специальности «Вирусология». В 1983 году там же защитил кандидатскую диссертацию на тему «Специфическая ассоциация нуклеотидкиназа с репликативными комплексами вируса энцефаломиокардита» под руководством В.И. Агола.

С 1985 по 1991 год Кунин работал в лаборатории биохимии вирусов в Институте полиомиелита, в лаборатории генетики бактерий в Институте микробиологии РАН, там же заведовал лабораторией генной систематики и эволюции бактерий.

С 1991 года уехал в США, где поступил на работу в Национальную медицинскую бибилиотеку, Национальный центр биотехнологической информации. Руководит группой эволюционной геномики.

C 2002 года адъюнкт-профессор биоинформатики в Бостонском университете (США).

Редактор журнала Trends in Genetic.

Член Америанского общества микробиологии (с 1992 года), Американского общества вирусологии (с 1992 года), Американской ассоциации содействия развитию науки (с 1992 года), Нью-Йоркской академии наук (с 1993 года).

Е.В. Кунин входит в число ведущих мировых специалистов в области эволюционной сравнительной геномики. Его основной инструмент исследования — статистический (компьютерный) анализ расшифрованных ДНК-последовательностей разных организмов и вирусов. Как один из пионеров данного направления, Кунин преследует целый ряд научных задач: разработка автоматических методов предсказания функций гена, построение эволюционных сценариев для генных семейств, реконструкция геномов предковых (вымерших) форм, сравнительный анализ филогенетических деревьев для конкретного гена, изучение архитектуры белковых доменов и эволюции сигнальных каскадов, математическое моделирование эволюции геномов и т.п. Еще в конце 1990-х он с коллегами создал постоянно пополняемую базу данных «Кластеры генов-ортологов», которой сейчас пользуется научное сообщество. У Кунина в активе свыше 600 научных работ, в том числе его имя присутствует среди авторов эпохальной статьи о расшифровке генома человека. Он фактически открыл иммунную систему у прокариот, а также предложил модель древнего «Мира вирусов», описывающую поток генетических элементов, сохранившихся с доклеточной стадии эволюции.

Кунина отличает исключительное внимание к фундаментальным вопросам эволюционной биологии, что находит отражение в его многочисленных публикациях. Средствами сравнительной геномики и системной биологии он стремится пролить свет на важнейшие этапы развития биосферы, такие как появление клетки, происхождение эукариот и эволюция вирусов. По мнению Кунина, анализ геномов, особенно эволюционно близких, позволяет исследовать характер и интенсивность адаптации и отбора для различных категорий генов в разнообразных эволюционных линиях. Особый научный интерес у Кунина вызывают т.н. недарвиновские механизмы эволюции, такие как горизонтальный перенос генов (особенно между прокариотами и эукариотами), квазиламарковское наследование (CRISPR-Cas), нейтральная фиксация мутаций. Он использует полногеномный сопоставительный анализ для проверки базовых предсказаний эволюционной теории, в том числе о соотношении нейтральной эволюции и различных режимов отбора. Кунин исследует также фундаментальную проблему возникновения сложности в биологических системах и выступает последовательным сторонником привлечения физических понятий для объяснения характера эволюционных процессов. В частности, Кунин демонстрирует возможность разработки теории эволюции с использованием моделей статистической физики.

С начала 2000-х он выражает сомнение в применимости традиционной метафоры «Дерева жизни» в глобальном масштабе. Одна из первых его публикаций на эту тему становится высоко цитируемой, превысив четыре сотни ссылок. Позже он неоднократно высказывается в пользу сетевого представления эволюции с частными включениями древовидных структур. Кунин первым догадался использовать методы сравнительной геномики, чтобы определить минимально возможный размер генома для клеточного организма. Вместе с Аркадием Мушегяном они получили результат в 256 генов, установив некий ориентир для гипотез о сложности первых одноклеточных. В 2004 году Кунин стал соавтором важной работы о происхождении эукариот. Сравнительный анализ генов ядерной оболочки и ядерной поры показал, что ядро возникло как часть процесса фрагментации клетки под воздействием архея-бактериального симбиоза.

Кунин известен своим критическим отношением к некоторым положениям современной эволюционной теории. По его мнению, феномен горизонтального переноса генов и общая динамика генетических процессов, в свете современных данных, разрушают не только привычное «Дерево жизни», но также принципы градуализма (постепенности) и адаптации путем естественного отбора. Здание синтетической теории эволюции, считает Кунин, развалилось и не подлежит ремонту – на его месте будет возведено новое. Свои представления о Третьем эволюционном синтезе и аргументацию в систематизированном виде он изложил в книге «The logic of chance: the nature and origin of biological evolution» (2011), на русском языке книга издана в 2014 году.

В 2005 году Кунин вместе с L. Landweber и D. Lipman основал научный журнал Biology Direct, с целью предложить научному сообществу отличную от традиционной систему рецензирования. Она подразумевает, что имена рецензентов не скрываются, а их отзывы и ответы авторов открыто публикуются вместе с основным текстом статьи. Это повышает ответственность сторон и снижает риск возможных злоупотреблений в ходе рецензирования. Статьи журнала выкладываются в свободный доступ.

Евгений Кунин лидирует по цитированию научных публикаций среди российских ученых-биологов. По данным «Корпуса экспертов», его индекс Хирша равен 133.

1999 — Награда американской национальной библиотеки медицины Regents Award for Scholarly or Technical Achievement in recognition of his creative approaches to large-scale analysis of bacterial genomes and to the classifications of protein sequences.

1995 — Награда технологического института Джорждии «Фи-бетта-каппа» за лучшую исследовательскую статью года.

Отец — Виктор Кунин, ученый.

Супруга — Татьяна Сенкевич, ученый-биолог, соавтор Е. Кунина. Работает в лаборатории вирусных заболеваний в Национальном институте аллергии и инфекционных заболеваний, Бетесда, США.

Дочь — Елизавета Кунина, стажер Американского католического университета, изучает социологию.