Основан в 1388 по образцу Парижского университета. В 13 в. был центром схоластической мысли, с ним связаны имена крупнейших представителей схоластической теологии и философии доминиканцев: Альберта Великого, Фомы Аквинского и францисканца Дунса Скота. В 1593 в добавление к богословскому были открыты факультеты: юридический, медицинский и «свободных искусств». Основание в 1777 академии, а затем университета в Бонне, а также Наполеоновские войны подорвали значение Кельнского университета, и в 1798 он был закрыт. В 1901 в помещении университета была открыта Высшая коммерческая школа. В 1919 на средства муниципалитета, по инициативе кельнского мера К. Аденауэра, в результате слияния Высшей коммерческой школы, Высшей школы коммунальной политики и социального управления и Академии практической медицины Кельнский университет был открыт вновь. В 1925-1932 гг. являлся вторым крупнейшим (после Берлина) университетом в Германии.
В 1971 Кельнский университет имел 5 факультетов, в его состав входило 125 кафедр, 80 институтов, 13 клиник, обучалось свыше 12 тыс студентов, работало около 800 преподавателей, в том числе 232 профессора.
В 2005 в университете обучалось 47 тыс студентов, работало 500 профессоров и 7, 5 тыс преподавателей, научных и технических сотрудников. Университет разделен на семь факультетов (их принято называть «школами»): Школа менеджмента, экономики и социальных дисциплин, Школа права, Медицинская школа (с прикрепленной клиникой), Школа философии (здесь изучаются также история и филология), Школа математики и естественных наук, Школа педагогики, Школа специального образования. В библиотеке университета (основана в 1920) в 1971 около 1, 5 млн. тт.