Первое поселение на месте современной Жироны было основано около 8 в. до н. э. В 75-76 годах н. э. для защиты Виа-Августа (основной дороги на Пиренейском полуострове, тянувшейся от Рима до Сивильи) римские легионеры основали военную крепость и назвали ее Герунда (Gerunda). Древний город был обнесен крепостной стеной, фрагменты которой сохранились.
В начале 5 в. н. э. город подпал под власть вестготов. В 714-797 годах (с двумя перерывами) город находился под властью арабов. Освобожденный Карлом Великим в 785 году, позже город вошел в состав Испанской марки и стал столицей графства. В конце 8 — начале 9 веков город некоторое время являлся центром для подготовки походов в глубь занятой арабами Испании, позже уступив эту роль Барселоне.
В 878 году графства Барселоны и Жироны были объединены. Некоторое время Жирона являлась резиденцией королей Арагона, стала богатым процветающим городом. В Средние века Жирона постоянно оказывалась в центре военных конфликтов, много раз осаждалась и подвергалась разрушениям, но взята была лишь 4 раза. В 1348 году на Жирону, как и на многие другие города Испании, обрушилась «черная смерть».
К началу 16 вка Жирона вновь поднялась и разбогатела, став вторым после Барселоны городом Каталонии.
Благополучная Жирона стала предметом притязаний Франции. Осады города французами следовали с завидной регулярностью каждые десять лет (в 1684, 1694, 1705, 1711). Жирона несколько раз переходила к Франции и вновь возвращалась к Испании.
В конце 18 века она оказалась перекрестком на пути противоборства испанской короны и Французской республики. И вновь последовали многочисленные осады. Во время войны 1793 года Жирона, по словам очевидцев, превратилась в одно сплошное поле битвы. К 1809 году в Жироне осталось не более 4, 5 тыс. жителей.
Когда Жирона была завоевана наполеоновскими войсками, Наполеон провозгласил Жирону столицей округа Тер. В 1833 году Жирона стала столицей уже испанского округа Жирона. В 1857 году здесь была построена первая фабрика, на которой производилось электрооборудование, и в 1886 году в Жироне появилась первая улица, освещенная электрическими фонарями.
Река Оньяр делит город на две части. На левом берегу, на холме, находится исторический центр города с узкими улочками, соборами, музеями. На правом берегу — современный город.
Кафедральный готический собор Жироны (собор Св. Марии, 14-16 вв.) — один из крупнейших в Европе однонефных кафедральных соборов (второй после собора Св. Петра в Ватикане). Неф (ширина 23 м, высота 35 м) собора — самый большой в мире. Западный фасад собора выполнен в стиле каталонского барокко. В храме за алтарем стоит алебастровый трон Карла Великого, чьи войска заняли Жерону в 785.
Среди других архитектурных памятников: церковь Сант-Пере-де-Галлиганс (12 в.), входящая в состав старинного бенедиктинского монастыря Св. Петра, часовня Св. Николая (12 в.), Арабские бани (12 в.) в романском стиле, церковь Сант-Фелиу (14 в.) и др. В Старом городе — средневековый еврейский квартал.
Близ Жироны — городок Пуболь (Pubol) с одноименным замком (14 в.), который в 1970 году Сальвадор Дали подарил своей жене Елене Дьяконовой (известной под именем Гала). Ныне в замке — Дом-музей Галы.