Дегенера́ция в биологии — процесс деградации, разрушения, ухудшения свойств организма. Латинское degenero означает «вырождаюсь». В морфологии дегенерацией называют процесс разрушения в ходе онтогенеза клеток или органов; например, исчезновение хвоста у головастика при превращении его в лягушкуэ. В микробиологии — ослабление жизнеспособности культуры одноклеточных организмов при неблагоприятных условиях выращивания.
В филогенезе А.Н. Северцов ввел понятия общая дегенерации и частной дегенерации. Общей дегенерацией, или морфо-физиологическим регрессом, ученый называл одно из направлений эволюционного процесса, характеризующееся редукцией органов с активными функциями (органы движения, органы чувств, центральная нервная система) и прогрессивным развитием пассивных, но важных для выживания животного органов (половая система и пассивные средства защиты — покровы, покровительственная окраска). По принципу общей дегенерации шло развитие оболочников, усоногих раков, ленточных червей. При частной дегенерации у организмов в процессе их исторического развития редуцируются органы, имевшиеся у предков, например конечности у безногих ящериц, раковина у головоногих моллюсков. Причина редукции органов — отсутствие условий, необходимых для их развития и функционирования. В патологии термин «дегенерация» был введен Р. Вирховом, который допускал возможность «перерождения» клеток. Позднее было установлено, что изменения в клетках зависят от местного или общего нарушения обмена веществ — дистрофии.