В 9-6 вв. до н. э. на месте современного города Ван находилась столица государства Урарту — Тушпа. С 6 в. до н. э. город уже известен под названием Ван. После мидийского нашествия этот район являлся объектом притязаний Ахеменидов, Александра Македонского, Понта и Рима. При Тигране II (1 в. до н. э.) Ван был одним из самых значительных городов Великой Армении. В 364 н. э. город был значительно разрушен войсками сасанидского царя Шапура II. В 10 в. он вновь стал крупным городом теперь уже в составе Васпураканского царства. В 1022 был захвачен Византией, в 1081 — сельджуками. Позднее город многократно переходил из рук в руки. В 1387 и 1394 он был разрушен войсками Тимура. После продолжительной борьбы между Османами и Ираном в 17 в. вошел в состав Османской империи. При султане Абдул-Хамиде II в 1895-1896 население Вана подверглось жестокому погрому, во время которого были убиты тысячи армян. В Первую мировую войну армянское население Вана было выселено и истреблено турецкими властями.
Вследствие поднятия уровня воды озера Ван процветавший некогда древний город был частично затоплен. После множества более поздних военных нашествий от города осталось очень немногое. Среди сохранившегося — мечети Улу Джами («Большая Мечеть», 13 в.) и Кызыл Джами («Красная мечеть», 13 в.).
В 5 км на восток от города Ван — Топраккале (в 8-6 вв. до н. э. резиденция царей Урарту).