Родом из семьи мелкопоместного дворянина. Учился в Санкт-Петербургском университете на историко-филологическом факультете, параллельно преподавал на Высших женских курсах. В 1888 году защитил магистерскую диссертацию, после чего был назначен приват-доцентом Санкт-Петербургского университета. Через год совместно с несколькими другими историками стал учредителем «Исторического общества» при Санкт-Петербургском университете. С 1891 по 1903 год работал на кафедре русской истории в Дерптском университете. С 1903 года работал в качестве ученого корреспондента в Ватиканском архиве от Римской академии наук. Результатом этой работы явилась книга о российско-итальянских отношениях; работы об отношениях с Голландией, Францией, Испанией. В 1924 году Е.Ф. Шмурло переехал в Прагу, где продолжил свою активную научную деятельность, организовав в 1931 году «Русское историческое общество» при правлении «Союза русских академических организаций за границей», членами которого были такие известные историки, как В.А. Мякотин, А.А. Кизеветтер, Г.В. Вернадский, П.Б. Струве. Среди работ Е.Ф. Шмурло: «П.В. Постников. Несколько данных о его биографии» (1894), «Россия и Италия: Сборник исторических материалов и исследований, касающихся сношений России с Италией» (1907 — 1915), «Введение в русскую историю» (1924), «Римская курия на русском православном Востоке в 1609 — 1954» (1928), «Курс русской истории» (в 3-х томах, 1931 — 1935) и др.