Основан в 1833 на базе школы, созданной в 1523 У. Цвингли. Первоначально включал четыре традиционных факультета: теологичекий, юридический, медицинский и философский. В 1847 к обучению на философском факультете были допущены женщины, в 1866 в университете защитилась первая женщина-доктор. В 1901 был открыт старейший в мире ветеринарный факультет. В университете учились А. Эйнштейн, В. К. Рентген, К. Шпиттелер; преподавали Т. Моммзен, А. Вернер, М. фон Лауэ, Э. Шредингер, П. Каррер, В. Р. Хесс, К. А. Мюллер, Р. Цинкернагель.
В 2005 в состав университета входило 7 факультетов: теологический, юридический, культуры и искусства (искусство, история, археология, философия, литература, лингвистика, социология, педагогика и психология), естественнонаучный (астрономия, биология, генетика, геология, минералогия, география, кристаллография, математика, физика и химия), медицинский, ветеринарный, экономический. При университете ботанический сад и музей (основан в 1836); музеи зоологический (основан в 1837), палеонтологический (основан в 1956), истории медицины. Научная библиотека университета состоит из центральной библиотеки и факультетских библиотек, в ней свыше 2 млн томов.
В 2005 в университете обучалось около 23, 4 тыс студентов, работало свыше 2, 7 тыс преподавателей.