Основан в 1640 по инициативе графа Пер Брахе в г. Турку (Або), столице Финляндии, находившейся в то время в составе Шведской державы. В 1828 переведен в Хельсинки (Гельсингфорс) и официально именовался здесь Императорским Александровским Финляндском университетом, современное название с 1917. В университете учились и работали Н. А. Э. Норденшельд, Тарья Халонен, программист Линус Торвальдс, Р. Г. Неванлинна, Ларс Альфорс, А. И. Виртанен. Университет находится под государственным контролем, преподавание в нем ведется на финляндском и шведском языках.
В 2005 в университет входило 11 факультетов: теологический, юридический, медицинский, философии и искусства, естественнонаучный, социальных наук, сельского и лесного хозяйства, ветеринарный, биотехнологий, фармацевтический, поведенческих наук. Включает также крупные научно-исследовательские центры и институты, в том числе Александровский институт (исследования, посвященные России и ряду восточноевропейских стран), Хельсинкский центр экономических исследований, Хельсинский институт информационных технологий, Хельсинский институт физики, Хельсинский институт по изучению окружающей среды, институт биотехнологий, институт нейробиологии, институт Рольфа Неванлинна (исследования по математике, статистике и компьютерным технологиям). Университет имеет самую крупную в стране библиотеку (основана в 1640), насчитывающую более 1, 6 млн томов, зоологические и ботанические музеи.
В 2005 в университете работало свыше 4 тыс преподавателей и обучалось свыше 38 тыс студентов.