Основан в 1827 согласно королевскому указу как Йоркский королевский колледж (Йорк — название Торонто до 1834) по инициативе англиканского архиепископа Верхней Канады Джона Стречена. До 1848 колледж был исключительно англиканский, с 1849 — современное название. Университет располагается в трех университетских городках, в центре Торонто, в пригородах Миссисога и Скарборо.
В составе Торонтского университета (2005): 7 учебных колледжей естественнонаучного и гуманитарного профиля — Тринити колледж (англиканский, основан в 1851, в составе университета с 1904), колледж Св. Михаила (католический, основан в 1852, в составе университета с 1881), Виктория колледж (основан в 1836, в составе университета с 1892), Университетский колледж (основан в 1853), Новый колледж (1962), Иннис колледж (1964), Вудсуорт колледж (1974); 11 факультетов — прикладных наук и инженерного дела, архитектуры и дизайна, искусств и наук, стоматологический, информационных технологий, юридический, медицинский, музыки, медицинского персонала, фармацевтический, физической культуры; школа повышения квалификации (аспирантура); педагогический институт; школа менеджмента Ротмана; Торонтская богословская школа (включает 5 конфессиональных колледжей: колледж объединенной канадской церкви «Эммануэль», англиканский колледж Уайклиффа, католическая семинария Св. Августина, иезуитский колледж Регис, пресвитерианский колледж Нокс, а также богословские факультеты колледжей Тринити и Св. Михаила); крупные научно-исследовательские центры, в том числе институт аэрокосмических исследований, канадский институт теоретической астрофизики, папский институт средневековых исследований, центр мира и локальных конфликтов Трудо; библиотека (свыше 2 млн томов).
В 2005 — около 67 тыс студентов и аспирантов; 3 тыс преподавателей.