Основан в 1877 как Стокгольмский колледж, первоначально здесь читались публичные лекции по естественным наукам (эта традиция сохраняется и поныне). В 1881 заведующей кафедрой математики была назначена С. Ковалевская, ставшая третьей женщиной-профессором в Европе. С 1904 в колледже стали присуждать степени и выдавать дипломы. В 1960 колледж стал четвертым университетом в Швеции.
Стокгольмский университет разделен (2005) на 4 факультета — естественных наук, юридический (1907), гуманитарных наук (1920), общественных наук (1964), каждый из которых включает различные отделения и научно-исследовательские учреждения. В состав факультета гуманитарных наук входят отделения: археологии и классической филологии; финского, немецкого и балтийского языков; киноискусства; английского языка; этнологии и сравнительного религиоведения; французского, итальянского и классических языков; истории; истории искусства; журналистики и коммуникаций; литературы и истории идей; лингвистики; музыки и сценических искусств; восточных языков; философии; скандинавских языков; славянских языков; испанского и португальского языков и Латинской Америки; а также исследовательский центр исследования билингвизма и институт теории перевода. На юридическом факультете (включает только один, юридическое, отделение) изучаются все виды национального и международного права. Факультет общественных наук включает отделения: прикладных коммуникаций; компьютерных технологий; криминологии; экономической истории; экономики; педагогики; политической и экономической географии; политических наук; психологи; социальной антропологии; социальной работы; социологии; статистики; институт графиков; школу повышения квалификации; институт международного обучения; школу бизнеса; а также научные учреждения: центр международной миграции и этнических взаимоотношений; институт международной экономики; центр исследований в области организации; шведский институт социальных исследований; центр социальных исследований алкоголизма и наркомании. В составе факультета естественных наук отделения — астрономии, математики, физики, метеорологии, аналитической химии, биохимии и биофизики, химии окружающей среды, нейрохимии, органической химии, неорганической и структурной химии, общей биологии, ботаники, генетики и микробиологии, молекулярной биологии и генетики, экологии, зоологии, прикладных наук об окружающей среде, геологии и геохимии, физической географии и геологии; 5 полевых научно-исследовательских лабораторий; институт экспериментальной биологии Веннера-Грена; ботанический сад Бергиуса; лаборатория Манне Зигбана; Стокгольмский океанологический центр.
В 2005 обучалось 37 тыс студентов, работало 3, 5 тыс преподавателей. В библиотеке Стокгольмского университета, состоящей из ряда отраслевых библиотек, свыше 1 млн томов.