Это один из самых древних болгарских курортов, существующий еще со времен Римской империи. Ныне Кюстендил — национальный бальнеологический центр. На его территории курорта насчитывается 40 термальных источников с температурой до 76 °С. Воды слабоминерализованные, сульфатно-гидрокарбонатные, содержат фтор, кремний, сульфиды.
На курорте могут поправить свое здоровье люди, страдающие заболеваниями опорно-двигательного аппарата, периферической нервной системы, органов дыхания. На курорте лечат функциональные расстройства нервной системы, гинекологические заболевания, нарушения обмена веществ, термические поражения и заболевания кожи (нейродермит, псориаз и др.).
Среди достопримечательностей: асклепион Пауталия — римская водолечебница, построенная во 2-3 вв., городской исторический музей, художественная галерея Владимира Димитрова-Майстора.
Неподалеку от города раскинулся парк Хисарлык, что переводе с турецкого означает «крепость». Развалины крепости окружает сосновый бор. Отдыхающие могут побродить по аллеям, отдохнуть в беседке и провести вечер в местном отеле. В конце марта в парке проводится традиционный Праздник Весны.
В 13 км к юго-востоку от Кюстендила находится знаменитый гранитный Кадин мост над рекой Струма, построенный в 15 веке. В 39 км к северу от Кюстендила расположен Земенский монастырь, возведенный в 11-12 веке.