Открыт в 1929, первоначально назывался «Краковский зверинец» и занимал территорию в 4 га. Основу коллекции составили 111 животных, принадлежащих к 37 видам. В период немецкой оккупации зоопарк пришел в упадок, наиболее ценные экземпляры были вывезены в немецкие зоопарки. После освобождения Польши, в Краковский зоопарк была передана часть животных из разрушенного Берлинского зоопарка.
Зоопарк располагается в обширном лесопарке (500 га), на высоте 345 м над уровнем моря. Наиболее интересными животными, представленными в зоопарке, являются карликовый бегемот, лошадь Пржевальского, сомалийский дикий осел, олень Давида, барасинга, центрально-американский тапир, редкие виды антилоп. Зоопарк активно участвует в международных программах по сохранению исчезающих видов.
В коллекции зоопарка свыше 1400 животных, представлены 278 различных вида.