Йе́нский университе́т имени Фридриха Шиллера (нем. Friedrich-Schiller-Universitaet Jena, лат. Universitas Litterarum Jenensis), государственный университет в Германии, в Йене (Тюрингия).
Учрежден 2 февраля 1558 на базе существовавшей в Йене академической гимназии. Первоначально открыть в Йене университет задумал саксонский курфюрст Иоганн Фридрих Великодушный еще в 1547, однако он был взят в плен и университет был открыт по инициативе его сыновей и при поддержке императора Карла V. При открытии имел теологический, юридический и медицинский факультеты, факультет изящных искусств. До конца Тридцатилетней войны (1618-48) университет был оплотом ортодоксального лютеранства.
Ко 2-й половине 17 в. относится первый период расцвета Йенского университета. В 1663 в университете учился Г. Лейбниц. В 90-х гг. 17 в. значение университета падает, новый подъем относится к концу 18 в., когда университет, при поддержке герцога Карла Августа, становится центром классической немецкой философии и немецкого романтизма, воплотившего идеи революционной буржуазии. С Йенским университетом связана деятельность И. В. Гете, И. Г. Фихте, Ф. Шеллинга, Ф. Шиллера (в честь которого он и был назван в 1934), Ф. Шлегель. В 1801-07 курс философии в нем читал Г. Гегель. Большую роль в университете в начале 19 в. играл известный естествоиспытатель и натурфилософ Л. Окен.
В 1841 в Йенском университете защитил свою докторскую диссертацию К. Маркс. Во 2-й половине 19 в. возросло значение естественнонаучных специальностей. В университете работали физик Э. Аббе, биолог Э. Геккель. В идеологическом отношении университет в конце 19 — начале 20 вв. был средоточием крайне реакционных агрессивно-империалистических взглядов, с 1933 — фашистской идеологии.
Сильно разрушенный во время 2-й мировой войны, Йенский университет стал первым университетом, открытым (1945) вновь в ГДР. При университете был организован рабоче-крестьянский факультет, который давал знания в объеме полной средней школы, а также факультет марксизма-ленинизма. После воссоединения Германии в университете прошли демократические преобразования. Сейчас университет занимает одно из ведущих мест в техническом образовании, благодаря тесному сотрудничеству с корпорацией «Карл Цейс».
В 2004 в университете обучалось 19, 7 тыс студентов, работало 2, 2 тыс преподавателей и научных сотрудников, в том числе 340 профессоров. Университет разделен на 10 факультетов: теологический, юридический, экономики и менеджмента, философский, социологический, математики и информационных технологий, физики и астрономии, химии и наук о земле, биологии и фармацевтики, медицинский. Библиотека университета, основанная в 1558, насчитывает свыше 2 млн томов.