В состав университета входит 12 факультетов: католическо-богословский, юридический, медицинский, первый философский (науки, посвященные древним цивилизациям), второй философский (филология, история, история искусства), третий философский (философия, педагогика, общественные науки), биологический, химии и фармакологии, наук о Земле, математики и информатики, физики и астрономии, экономический.
Датой основания считается 1402 год, однако университет значительное время находился в упадке и к началу 16 в. был закрыт. Инициатором второго «рождения» университета в 1582 стал вюрцбургский епископ Юлий Эхтер фон Мешпельбрунн, в честь которого университет впоследствии получил первую часть своего названия. «Alma Julia» — так называли выпускники свой университет — должен был стать «бастионом католицизма» в борьбе с развивающейся реформацией. В конце 18 — начале 19 в. университет становится светским, для обучения допускаются не только католики, но и студенты других конфессий. Развитию университета в значительной степени способствовал и первый баварский король Максимилиан, имя которого также входит в название университета.
В конце 19 в. — 20 в. в стенах университета были сделаны значительные достижения в области естественных наук. Здесь работали и работают такие замечательные ученые как Вильгельм Конрад Рентген (Нобелевская премия по физике, 1895), Вильгельм Вин (Нобелевская премия по физике, 1911), Йоханнес Штарк (Нобелевская премия по физике, 1919), Эмиль Фишер (Нобелевская премия по химии, 1902), Эдуард Бухнер (Нобелевская премия по химии, 1907); Клаус фон Клитцинг (Нобелевская премия по физике, 1985).
В 2005 году в университете обучалось приблизительно 21 тыс студентов; преподавало около 400 профессоров.