Учился в университетах Цюриха и Берлина. Доктор философии Цюрихского университета (1913). В 1916-1924 гг. служил пастором в Обстальдене — горной деревушке в швейцарском кантоне Гларус. В 1922-1924 гг. Бруннер — приват доцент, а в 1924-1953 гг. — профессор теологии Цюрихского университета.
Э. Бруннер является одним из представителей диалектической теологии. В противоположность царившему еще в начале 20 столетия историко-психологическому самоистолкованию «религиозного» человека для него, как и для других представителей этого направления (К. Барт, Ф. Гогартен и др.), характерен активный интерес ко всему превосходящему и новому, что определяет человеческое самопонимание и что в Библии называется Богом, Божьим словом, Божьим откровением, царством Божьим и делом Божьим. Обозначение «диалектический» подразумевало работу мысли при общении человека с суверенно противостоящим ему Богом.
Бруннер вслед за М. Бубером (на которого в свою очередь оказал влияние С. Кьеркегор) понимает веру как диалог между человеком («Я») и Богом («Ты»). Он считает, что во время встречи Бога с человеком Святой Дух воздействует на человека в процессе дарующего и преобразующего жизнь общения между ними. Сам Иисус Христос есть Слово Божье и средоточие откровения, вокруг которого группируются свидетельства Ветхого и Нового Заветов. В своей работе «Природа и благодать» (1934) философ утверждает, что человеческая природа создана таким образом, чтобы служить аналогией бытию Божьему, и даже греховные люди сохраняют свою возможность узнавать Бога в природе и в событиях истории, и чувствовать свою вину перед Ним. Таким образом, в человеческой природе существует потенциальная «точка соприкосновения» с божественным откровением.