Герб Холмогор был утвержден 17 августа 1781 года, когда они были уездным городом Вологодского наместничества. «В верхней половине щита вологодский герб, в нижней половине квадрант в голубом поле, в знак того, что сего 1781 года марта 12 дня указом велено учредить мореходную школу».