Флаг Усть-Ордынского Бурятского автономного округа был принят 25 июля 1997 года. В центре синего полотнища расположен элемент герба — золотой круг с триадой и четырьмя безантами вокруг круга. Нижняя часть полотнища завершена белой полосой с изображением красного «меандра», мотивы которого использовались в орнаментах бурят Прибайкалья.