Флаг Лесного был утвержден 21 января 2009 года. Цвет поля и сосновые шишки служат символами к названию города. Скрещенные мечи и знак атома показывают значение размещенных в городе оборонных производств. Внутренняя кайма символизирует закрытость городской территории.