Продольные долины рек Коксу (на западе) и Боротала (на востоке) делят Джунгарский Алатау на два крупных параллельных хребта: Северный Центральный хребет (СЦХ), общая протяженность которого с запада на восток составляет около 250 км, и Южный Центральный хребет (ЮЦХ).