Чи́стая ли́ния — генотипически однородное потомство, получаемое от одной самоопыляющейся (растения) или самооплодотворяющейся (животные) особи с помощью отбора и дальнейшего самоопыления или самооплодотворения; представляет собой группу организмов гомозиготных по большинству генов. Изучение наследования признаков в чистой линии — метод экспериментальной генетики. Термин «чистая линия» был введен в 1903 году датским генетиком В. Иогансеном, который в опытах на бобовых растениях доказал, что в чистой линии при одинаковых условиях проявляется сходный фенотип.
Чистую линию получают от одного предка и поддерживают с помощью принудительного самоопыления и отбора. Особи в чистой линии воспроизводят в ряду поколений одни и те же наследственно закрепленные признаки. Чистые линии имеют значение в сельскохозяйственном производстве, являясь основными структурными элементами сортов растений. Гибридизация двух чистых линий может привести к эффекту гетерозиса в первом гибридном поколении; так получают гибридные формы кукурузы. Иногда термин «чистая линия» неправильно применяют к инбредным линиям, которые представляют собой потомство животных или перекрестноопыляющихся растений, получаемое от одной пары предков и поддерживаемое в ряду поколений с помощью постоянных близкородственных скрещиваний и отбора. Такие линии используют в подавляющем большинстве генетических исследований на высших организмах. Например, механизмы канцерогенеза и методы лечения раковых заболеваний изучаются на чистых линиях (инбредных линиях) лабораторных мышей.