Чешуя́ — жесткие метамерные пластинки кожного скелета позвоночных животных — рыб, пресмыкающихся, птиц, млекопитающих, выполняющие защитную функцию. Чешуя ископаемых бесчелюстных и рыб имеет мезодермальное происхождение, образована костной тканью (дентин, кость); располагается на теле животного правильными диагональными рядами по ходу коллагеновых волокон кожи и, помимо защитной, выполняет опорно-двигательную функцию. В филогенезе низших первичноводных позвоночных животных (круглоротые, рыбы, земноводные) исходной является плакоидная чешуя ископаемых телодонтов и хрящевых рыб, представленная дентиновыми шипами и зубами, периодически сменяющимися по мере роста животного.
Космоидная чешуя, ганоидная чешуя, циклоидная чешуя, ктеноидная чешуя костных рыб — сложные филогенетические производные исходного типа. Эти чешуи характеризуются циклическим ростом с образованием годичных колец, позволяющих определять возраст рыбы. Среди земноводных костные чешуи, аналогичные чешуям рыб, известны у стегоцефалов и современных безногих земноводных (червяги, в том числе рыбозмеи). Роговая чешуя пресмыкающихся, птиц и млекопитающих образуется ороговением наружного слоя эпидермиса и защищает кожу от высыхания и механических повреждений. Роговые чешуи обычно сменяются путем периодической линьки или шелушения. У пресмыкающихся роговая чешуя иногда срастается со вторичными кожными окостенениями и покрывает все тело (крокодилы, черепахи), у птиц — только ноги, у млекопитающих (сумчатые, грызуны, насекомоядные) она образуется главным образом на хвосте. Вторичное развитие мощных чешуй на теле наблюдается у броненосцев, у которых они подстилаются костными чешуями, и панголинов.