Александр Чаянов родился в 1888 году в Москве, в обеспеченной купеческой семье. Его отец происходил из крестьян Владимирской губернии, работал на ткацкой фабрике, а затем открыл собственное дело. Мать — одна из первых женщин, окончивших Петровскую академию.
Александр окончил реальное училище и в 1906 году поступил в Московский сельскохозяйственный институт, где учился на одном курсе с Николаем Вавиловым.
В 1911 году Чаянов получил диплом ученого-агронома 1-й степени. На следующий год он отправился в научную командировку в Европу: был в Англии, Франции, Германии, Швейцарии, Италии.
В 1912 году вышла первая часть книги Чаянова «Очерки по теории трудового хозяйства». В 1913 году он стал доцентом, в 1915 году — адъюнкт-профессором.
После Февральской революции на Всероссийском кооперативном съезде Чаянова избрали членом Совета Всероссийского кооперативного съезда. Он входил в Главный земский комитет, целью которого было осуществление земельных преобразований.
С 1918 года Чаянов был профессором Московской сельскохозяйственной академии, где работал до 1930 года. Первый председатель Льноцентра (1915); в 1915-1920 годах занимал руководящие посты в сельскохозяйственной кооперации. В 1921-1923 годах член коллегии Наркомзема РСФСР. Основатель первого в стране Института сельскохозяйственной экономии, его директор в 1922-1928 годах. Глава организационно-производственной школы — научного направления, исследовавшего проблемы крестьянской экономики.
Чаянов разрабатывал проблемы кооперативного обобществления крестьянских хозяйств, экономического механизма функционирования кооперативного предприятия, его оптимальных размеров.
Помимо научных работ, Чаянов писал социально-философские «фантастические» и «романтические» повести. Чаянов известен также как собиратель уникальной коллекции тульских пряников, которую пришлось съесть в голодном 1918 году.
В 1912 году Чаянов женился на Елене Васильевне Григорьевой. В 1920 году брак распался.
Вторая жена — Ольга Эммануиловна Гуревич (1897—1983), театровед, дочь публициста и редактора Э. Л. Гуревича (1866—1952), сестра физика Л. Э. Гуревича (1904—1990). В этом браке родились двое сыновей: Никита (1923—1942) и Василий (1925—2005).
21 июля 1930 года Чаянов был арестован по обвинению в создании антисоветской Трудовой крестьянской партии. Репрессирован, расстрелян в 1937 году, реабилитирован посмертно.
Книги Чаянова были запрещены цензурой и изъяты из библиотек. Однако часть его произведений не была уничтожена: псевдоним «Ботаник Х», которым он подписывал некоторые из своих текстов, уберег их от изъятия и уничтожения.
- Очерки по теории трудового хозяйства (М., ч.1-2, 1912—1913).
- Чаянов А. В. Продовольственный вопрос. Лекции, читанные на курсах по подготовке работников по культурно-просветительной деятельности при Советах студенческих депутатов в апреле 1917 г. М., 1917.
- Что такое аграрный вопрос? (М., 1917).
- Русское льноводство, льняной рынок и льняная кооперация. М., 1918.
- Основные идеи и формы организации крестьянской кооперации. М., 1919.
- История бюджетных исследований. М., изд. ЦСУ, 1922.
- Основные идеи и методы общественной агрономии. М., 1924.
- Краткий курс кооперации. М., 1925.
- Избранные произведения. М., Московский рабочий, 1989.
- О сельскохозяйственной кооперации. Саратов, 1989.
- Бюджетные исследования. История и методы. М., 1929.
- Чаянов А. В. Крестьянское хозяйство. Избранные труды. М., 1989.
- Лёлина книжка (Сборник стихов). М.: [Издание автора], 1912.
- История парикмахерской куклы, или Последняя любовь московского архитектора М. Романтическая повесть, написанная ботаником Х. и иллюстрированная антропологом А. М., I-й год республики [1918].
- Путешествие моего брата Алексея в страну крестьянской утопии. М., 1920 (Под псевд. Иван Кремнев).
- Обманщики (пьеса). М.: Издание автора, 1921.
- Венедиктов, или Достопамятные события жизни моей. Романтическая повесть, написанная ботаником Х. и иллюстрированная фитопатологом У. М.: V год республики [1922].
- Венецианское зеркало, или Диковинные похождения стеклянного человека. Романтическая повесть, написанная ботаником Х. и на этот раз никем не иллюстрированная. Берлин: Геликон, 1923.
- Необычайные, но истинные приключения графа Федора Михайловича Бутурлина, описанные по семейным преданиям московским ботаником Х. и иллюстрированные фитопатологом У. М.: VII год республики [1924].
- Юлия, или Встречи под Новодевичем. Романтическая повесть, написанная московским ботаником Х. и иллюстрированная А. Кравченко. М.: Издание автора, 1928.