Церковная автономия (греч. autonomia – независимость) – принцип независимости церкви в решении вопросов самоуправления, предоставляемой автокефальной церковью, в состав которой она ранее входила на правах экзархата или епархии. Глава автономной церкви избирается на поместном соборе, после чего утверждается патриархом данной автокефальной церкви.