Флоти́лия (франц. flottille) — оперативное объединение в военно-морском флоте ряда государств, основной задачей которого является выполнение задач в водах морей, рек или озер. Флотилия обычно состоит из нескольких соединений кораблей, авиации, частей морской пехоты и оперативных служб. Например, смотри Волжская военная флотилия, Ладожская военная флотилия. Флотилией также называют тактическое соединение в ВМФ ряда государств, состоящее из нескольких эскадр, или атомных подводных лодок, или же промысловых судов.