Основан в 1477 архиепископом Якобом Ульфсоном и шведским регентом Стенном Стуре-старшим с одобрения папы Сикста IV; первоначально включал четыре традиционных факультета: богословский, юридический, медицинский, философский. С началом реформации университет составил серьезную оппозицию королю Густаву I, большинство студентов и преподавателей были католиками, однако уже к концу 16 в. — нач. 17 в. университет стал образовательным центром лютеранства, крупнейшим учебным заведением крупнейшего лютеранского государства. Большое внимание уделял университету Густав II, завещавший огромные средства на его развитие. В 18 в. в Упсальском университете преподавал медицину и естествознание К. Линней, астрономию — А. Цельсий.
В составе Упсальского университета в 2005 входило 9 факультетов: искусств, общественных наук, лингвистический, богословский, юридический, медицинский, фармацевтический, естественнонаучный, педагогический. При университете — различные научно-исследовательские центры, ботанический сад и музей (основан К. Линнеем), астрономическая обсерватория (основана А. Цельсием), лаборатория Ангстрема, институт славяноведения (основан в 1950-х гг.), собрание историко-архивных документов (в т. ч. коллекция древнеегипетских папирусов), Упсальская академическая больница на 1000 мест (входит в состав медицинского факультета, в 2003 здесь работало 8 тыс человек). В библиотеке университета (основана в 1620) хранится свыше 5, 2 млн томов, в том числе 70 тыс рукописей и 345 тыс карт и графических документов.
В 2005 в Упсальском университете обучалось 42 тыс студентов, работало 3, 8 тыс преподавателей.