Город был основан в 3 веке до н.э. греками, выходцами из Сиракуз. Греки назвали селение Трагурион, что переводится как «место, где пасутся козы». В римский период Трогир являлся важным портом и зернохранилищем, упоминание о городе можно найти у Плиния Старшего и в римских картах. Городские жители занимались выращиванием оливок и апельсинов, ремеслами и торговлей. В 41-45 годах, во времена императора Клавдия, в Трогире селились особо отличившиеся ветераны. В 5 в. Трогир вошел в состав провинции Византийской империи. В 7 веке к городу риходят хорватские племена, а в 9 веке граждане Трогира были вынуждены платить дань хорватскому князю Здеславу. В начале 9 века Трогир некоторое время находился под властью франков, о чем свидетельствуют найденные надписи и золотые монеты с изображением Карла Великого.
В 1107 году с падением национальной хорватской династии Трогир признал власть венгерского короля Коломана и получал от него Грамоту с гарантиями освобождения своих граждан от уплаты королевских податей. Такое покровительство способствовало процветанию города в 12-14 веках. Хотя в 1123 году город пострадал от нашествия сарацинов. В 1242 году граждане Трогира приняли венгерского короля Белу IV с семьей, вынужденного спасаться бегством от татаро-монголов. В благодарность Бела IV приподнес Трогиру привилегии и земли, ранее принадлежавшие Сплиту. Подарок привел к двухлетней войне с жителями Сплита, но победа осталась за гражданами Трогира.
В 1420-1797 годах город, как и большая часть Далмации, находился под властью Венеции. Граждане Трогира оказали венецианцам серьезное сопротивление. Во времена владычества Наполеона (1806-1814 годы) в городе происходили народные волнения, направленные против принудительного набора из местных жителей рекрутов в наполеоновскую армию. С 1814 года город находился в составе Австрии, с 1867 по 1918 год — Австро-Венгерской империи. В 1887 году Трогира объявила о своей принадлежности к Хорватии.
Туризм в Трогире начал развиваться в 1930-е годы. Город посетил Бернард Шоу, называвший Трогир «Венецией в миниатюре», здесь побывали наследник английского престола Эдвард VIII и его возлюбленная американка Уоллес Симпсон. В годы Второй мировой войны Трогир был оккупирован итальянскими фашистами. После освобождения вошел в состав Хорватии.
Старая часть Трогира располагается на небольшом островке в узком проливе, соединенном мостами с островом Чиово и материком. Со времен греческой колонизации в Трогире сохранились небольшой жертвенник с посвящением богине Гере и часть мраморного рельефа с изображением женщины за домашней работой. Из древнеримского наследия дошли остатки вилл и терм, многочисленные надписи и стеллы, в том числе с изображением Пана и Бахуса. В городе находится единственный из сохранившихся в Далмации памятников наполеоновских времен — скульптура генерала Мармонта, правителя Иллирийской наполеоновской провинции.
Кафедральный собор Св. Ловро относится к 13-16 векам. Он был воздвигнут на фундаменте древней базилики, разрушенной при нашествии сарацинов. Собор представляет собой трехнефную базилику с тремя полукруглыми апсидами.В его архитектуре гармонично сочетается романская монументальность кладки с изящными элементами венецианской готики. Западный портал с богатым скульптурным декором был выполнен в 1240 году мастером Радованом. Пилястры фасада украшены рельефными изображениями апостолов и святых в византийском статичном стиле, колонны — аллегорическими изображениями месяцев года и сценами из повседневной жизни согласно изображаемому сезону года. Малые полукруглые колонны украшены цветочным орнаментом и рельефами со сценами охоты, битв и игр. Другим замечательным памятником искусства в собореявляется Капелла Ивана Урсини (1461-1497 годы) работы ученика великого Донателло, архитектора и скульптора Николы Флорентинца. В сокровищнице собора хранится собрание средневекового изобразительного и декоративно-прикладного искусства. Колокольня собора соединяет в себе черты романского, готического и ренессансного стилей. В городе сохранились несколько готических монастырей и церквей 14 века, дома 16 века в стиле поздней готики и ренессанса, а также остатки городских укреплений и замок, построенный в 14-16 веках.