Город был основан в 3 веке до н.э. греками-дорийцами, выходцами из Сиракуз. Греки назвали селение Трагурион, что переводится как «место, где пасутся козы». В римский период Трогир являлся важным портом и зернохранилищем, упоминание о городе можно найти у Плиния Старшего и на римских картах. В 41 - 45 годах, во времена императора Клавдия, в Трогире селились особо отличившиеся ветераны.
В 5 веке Трогир вошел в состав провинции Византийской империи. В 7 веке к городу пришли хорватские племена, в 9 веке граждане Трогира были вынуждены платить дань хорватскому князю Здеславу. В начале 9 века Трогир некоторое время находился под властью франков, о чем свидетельствуют найденные надписи и золотые монеты с изображением Карла Великого.
В 1107 году с падением национальной хорватской династии город признал власть венгерского короля Коломана и получил от него грамоту с гарантиями освобождения своих граждан от уплаты королевских податей. Такое покровительство способствовало процветанию города в 12 – 14 веках, хотя в 1123 году он пострадал от нашествия сарацинов.
В 1420 - 1797 годах. Трогир, как и большая часть Далмации, находился под властью Венеции. Во времена владычества Наполеона (1806 - 1814 годы) в городе происходили народные волнения, направленные против принудительного набора из местных жителей рекрутов в наполеоновскую армию. С 1814 года город находился в составе Австрии, с 1867 по 1918 годо — Австро-Венгерской империи. В 1887 году Трогир объявил о своей принадлежности к Хорватии.
В годы Второй мировой войны город был оккупирован итальянскими фашистами. После освобождения вошел в состав Хорватии.
Вид на старый город
Даже среди многочисленных и хорошо сохранившихся старинных прибрежных и островных городов Далмации небольшая по площади историческая часть Трогира выделяется уникальным скоплением дворцов, храмов, башен, старинных зданий. Романская архитектура здесь органично сочетается с архитектурой ренессанса и барокко, оставшейся от венецианцев. Улочки старого города, сплетающиеся в лабиринт и пересекающие друг друга под разными углами, делают Трогир непохожим ни на один другой город хорватского побережья.
Кафедральный собор. Один из главных архитектурных памятников Трогира — кафедральный собор Святого Лаврентия (13 – 16 вв.), построенный на фундаменте древней базилики, разрушенной при нашествии сарацинов. Собор Святого Лаврентия — самое большое здание старого города (XIII—XVI век) с высокой колокольней. Западный портал собора был выполнен в 1240 году мастером Радованом. Резной портал является жемчужиной внутреннего убранства собора. В нем находится капелла Ивана Урсини (1461 - 1497 гг.) работы ученика Донателло, архитектора и скульптора Николы Флорентинца. В сокровищнице собора хранится собрание средневекового изобразительного и декоративно-прикладного искусства. Колокольня соединяет в себе черты романского, готического и ренессансного стилей.
Кроме собора Святого Ловрентия в городе сохранились несколько готических монастырей и церквей 14 века: готическая церковь доминиканцев на набережной (14-й век), неоготический дворец Чипико (15-й век), городская ратуша (15-й век), а также дома 16 века в стиле поздней готики и ренессанса
Остатки городских укреплений — фрагменты мощных средневековых городских стен, возведенных в 14--15 веках с северной и западной части города.
Замок Камерленго — крепость, построенная в 14 – 15 веках, расположена на западной оконечности старого города. С неё открывается живописный вид на старый город.
Северные ворота (XVII век) — центральный вход в город со стороны материка. Рядом с воротами — статуя св. Ивана Урсини, покровителя города.
Княжеский дворец (XIII век) и Романский храм Святого Иоанна Крестителя (XIII век).