Основан в 1621 на базе лютеранской гимназии, открытой в 1538 и преобразованной в 1566 в Академию. В 1681, после того, как Страсбург перешел к Франции, наряду с протестантским университетом, по инициативе римского папы был основан иезуитский колледж, с целью «искоренения лютеранской ереси в Эльзасе». В 1793, в период Французской революции, колледж был объединен с университетом. После поражения Франции во франко-прусской войне 1870-71 закрыт и вместо него создан Университет кайзера Вильгельма. В 1919 восстановлен. В 1939-45 находился в Клермон-Ферране и был одним из очагов французского Сопротивления. В 1947 награжден медалью Сопротивления.
В 1968 университет был разделен на три независимых университета: Университет Луи Пастера (I Страсбургский), Университет гуманитарных наук (II Страсбургский, с 1998 Университет Марка Блоха), Университет Робера Шумана (III Страсбургский). Несмотря на автономность, университеты имеют общую библиотечную и информационную системы и благотворно сотрудничают.
I Страсбургский университет (имени Л. Пастера, Universite Louis Pasteur, в 2004 обучалось 17 тыс студентов) в 2005 включал 11 факультетов: медицинский, стоматологический, фармацевтический, математики и информатики, биологических наук, химический, физических наук, психологии и педагогических наук, географии и геологии, экономических наук и менеджмента; а также институт естественных наук и технологий; астрономическую обсерваторию; высшие инженерные школы — Европейская школа химии, полимеров и материалов; Национальная школа физики; Школа наук о Земле; Школа биотехнологий.
В состав II Страсбургского университета (имени М. Блоха, Universite Marc Bloch, в 2004 обучалось 13 тыс студентов) в 2005 входило 10 факультетов: искусств; современных языков; филологический; языков и прикладных гуманитарных наук; философии, лингвистики, информатики и педагогических наук; исторических наук; общественных наук, социальной работы и развития; естественных наук, техники, физической культуры и спорта; католический богословский; протестантский богословский.
III Страсбургский университет (имени Р. Шумана, Universite Robert Schuman, в 2004 обучалось 9 тыс студентов) в 2005 включал 10 подразделений: факультет права, политических наук и менеджмента; национальный центр по изучению промышленной собственности; институт по изучению Европы; высший европейский коммерческий институт; институт политических наук; университетский центр образования в области журналистики; институт управления на предприятиях; институт труда; институт по подготовке руководящих кадров; университетский институт технологий имени Р. Шумана.
Общее число учащихся в 3 университетах в 2004 составляло 39 тыс человек, в единой библиотечной системе имелось свыше 3 млн томов.