Основан в 1453 Мехмедом II, до начала 20 в. являлся высшим мусульманским религиозным учебным заведением — медресе (мадраса), и назывался Дарюлфюнун (Дом наук). После провозглашения Турецкой Республики в 1923, университет был секуляризован и дважды, в 1927 и в 1933, реорганизован.
В состав Стамбульского университета входит (2005) 16 факультетов: юридический, естественных наук, литературы и общественных наук, 2 медицинских (в Стамбуле и в Керрапазе), экономический, фармакологический, стоматологический, лесоводческий, инженерный, ветеринарный, управления и бизнеса, коммуникаций, водных продуктов, политических наук, богословский; а также крупные научно-исследовательские центры.
В 2005 обучалось свыше 68 тыс студентов, работало 2 тыс профессоров и старших преподавателей, 4 тыс преподавателей и ассистентов.