Основан в 1949. В 2005 в составе университета 23 факультета: медицинский, стоматологический, фармацевтический, физической культуры, естественных наук и математики, архитектурный факультет, градостроительный, инженерный, электротехнический, технологическо-металлургический, геологический, философский, филологический, экономический, юридический, педагогический в Скопье, педагогический в Штипе, сельского хозяйства и пищевой промышленности, лесного хозяйства, ветеринарный, музыкальных искусств, сценических искусств, изобразительных искусств; 10 научно-исследовательских институтов: национальной истории; македонского языка; фольклора; экономики; социологических, политических и правовых исследований; земледельческих культур; сейсмологии; скотоводства; македонской литературы.
В 2005 обучалось около 30 тыс студентов, работало около 1, 500 преподавателей.