Санита́рная охра́на террито́рии (границ) — комплекс мероприятий по предупреждению заноса в страну и карантинных и некоторых др. инфекционных заболеваний человека и животных, их распространения, а также по локализации и ликвидации очагов этих болезней при их выявлении. Реализация мероприятий начинается на железнодорожных станциях в местах пересечения транспортом государственных границ; в приграничных населенных пунктах для автодорожного транспорта; в морских и речных портах, куда заходят пассажирские и грузовые суда из различных районов земного шара; в аэропортах, открытых для самолетов, прибывающих из-за границы. В дальнейшем информация о выявленных потенциально эпидемически опасных лицах передается территориальным органам здравоохранения.
Охранные мероприятия условно делятся на организационные (административно-санитарные) и медико-санитарные (санитарно-гигиенические, противоэпидемические и лечебно-профилактические). К медико-санитарным мероприятиям относятся: медико-санитарный осмотр пассажиров и досмотр грузов; врачебное обследование больных по их просьбе или по заявлению администрации транспорта (либо пассажиров); немедленная изоляция больных с подозрением на заболевание, предусмотренное соответствующим нормативным документом и т. п.