Аид похитил ее с разрешения Зевса и умчал ее на золотой колеснице в царство мертвых. Деметра так сильно горюет о дочери, что земля перестает давать плоды, наступает голод и засуха. Зевс вынужден послать Гермеса с приказом Аиду вернуть Персефону. Выполняя приказание, Аид дает супруге зернышко граната, отведав которое, она не может забыть царство мертвых и возвращается к мужу: две трети года она проводит с матерью, а оставшееся время в Аиде, и тогда наступает зима.
Находясь в подземном царстве, Персефона не может забыть землю и нередко с сочувствием относится к нуждам героев: когда Пирифой и Тесей пытались ее похитить, она, по просьбе Геракла, возвращает Тесея на землю. Слушая песнь Орфея, она отпускает Эвридику и не ее вина, что Орфей нарушил условия. Другой цикл мифов связывает Персефону с прекрасным Адонисом; по просьбе Афродиты она прячет у себя Адониса-младенца, но затем отказывается его возвращать. По решению Зевса, Адонис должен треть года проводить в подземном мире, а две трети — с Афродитой (этот миф является явной вариацией мифа о самой Персефоне).
В орфическом культе Диониса важную роль играл миф об ипостаси Диониса, Загрее, сыне Персефоны и Зевса Хтония в образе змея. «Похищение Персефоны» — один из излюбленных сюжетов греческой живописи и пластики. Нередко он встречается и в европейском искусстве. В римской мифологии ей соответствует Прозерпина.