Этапы лечения верхушечного периодонтита в целом схожи с этапами лечения пульпита, однако особое внимание уделяют механической и медикаментозной обработке каналов. Из корневых каналов распад удаляют постепенно, небольшими порциями, без давления, чтобы избежать проталкивания его за верхушку корня. Затем эндодонтическими инструментами убирают размягченный дентин со стенок канала. Все манипуляции производят под прикрытием антисептиков. Чистоту каналов проверяют растворами йодинола, хлорфилипта, которые тем меньше изменяются в цвете, чем чище канал. Пломбирование канала производят под контролем рентгенограммы.