До 1967 Пасториус играл в различных джазовых коллективах на барабанах. В 1967 «с нуля» начал осваивать бас-гитару. Через 10 лет Пасториус уже был одним из лучших музыкантов в этом амплуа. Он стал играть и записываться с такими грандами модерн-джаза, как Пэт Метени, Кит Джаррет, Тони Уильямс и др. В 1976 вышел дебютный альбом Пасториуса Jaco Pastorius, на котором Джако проявил себя как необычайный виртуоз. В этом же году Пасториус был официально принят в состав популярной джаз-роковой группы Weather Report, руководимой Джо Завинулом. Именно уникальная исполнительская и композиторская манера Пасториуса, его безудержная экспрессия и поведение во время концертов обеспечили группе мировую славу. Музыкант удивительным и гармоничным образом соединял в музыке коллектива традиции ритм-н-блюза, классического джаза, фанка, панк-рока и т.д., чему до него не было аналогов. Все эти эксперименты остались в работах коллектива Black Market (1976), Heavy Weather (1977), Mr. Gone (1978), 8:30 (1979), Night Passage (1980).
В 1982 Пасториус вышел из состава Weather Report и начал выступать с собственным коллективом Word Of Mouth (квинтет, потом секстет). В это же время (к середине 1980-х) стали резко обостряться психологические проблемы музыканта: он подолгу уходил в себя становился нелюдимым и часто срывался, злоупотребляя алкоголем и наркотиками. Периодически Пасториус начинал бродячую жизнь, ночевал в парках на скамейках, шел на мелкие кражи и угоны автомобилей. В 1986 Пасториус попал в психиатрическую больницу, где музыканту поставили диагноз: «маниакально-депрессивный психоз». В 1987 Джако Пасториус умер, не дожив до 36 лет.
Уникальное исполнительское мастерство Пасториуса, его безошибочное музыкальное чутье и композиторский талант, умелая работа с индивидуальным и коллективным звуком, экстравагантное поведение на сцене сделали музыканта одной из самых значимых фигур в мире современной джаз- и рок-музыки. Творчество Пасториуса оказало большое влияние на развитие мировой музыкальной культуры.