Расположено в западной части Среднедунайской равнины на высоте 115 м. Протяженность с севера на юг около 30 км, ширина до 9 км, площадь 323 км2, глубина 2-4 м. Берега плоские, сильно заболоченные. Летом, во влажный сезон, размеры Нейзидлер-Зе увеличиваются. Зимой иногда промерзает до дна.
Сток по каналу в бассейн Дуная. В пределах Венгрии каналами связано с бассейном Дуная.
Около 4/5 площади озера занято тростниковыми зарослями (места гнездовий водоплавающей птицы). Национальный парк Нойзидлер-Зе — Зевинкель (с 1992, Австрия).