Ма́тсалу (Matsalu), заповедник в Эстонии, расположен в дельте реки Казари, в прибрежной части залива Матсалу Балтийского моря и на островах Моонзундского пролива. Основан в 1957 году, площадь 39, 7 тысяч га, 26, 2 тысяч га занимает акватория. Рельеф территооии равнинный, слегка всхолмленный, со следами оледенений. Для побережья залива характерны галечники.
Климат морской, сравнительно мягкий. Средняя температура июля 18 °С, средняя температура января –7 °С, среднегодовое количество осадков 530-640 мм. В заповеднике зарегистрировано 586 видов папоротникообразных, голосеменных и покрытосеменных растений. Тростники Матсалу покрывают площадь более 3 тысяч га. Чрезвычайно многообразна и богата луговая растительность.
Животный мир богат; зарегистрировано 44 вида млекопитающих, 255 видов птиц (166 гнездящихся), 30 видов рыб. Залив Матсалу — важное место остановок во время осеннего и весеннего перелета водоплавающих птиц. Среди них белощекая казарка (занесенная в Красную книгу России), а также лебеди (кликун, шипун, гуменник), нырковые и речные утки — чернети (морская и хохлатая), гоголь, турпан, крохали (большой и длинноносый), кряква, чирок-свистунок, свиязь, широконоска, а также серый журавль. В тростниках кроме гусей и уток гнездятся большая выпь (эмблема заповедника) и болотный лунь, лысуха, а из воробьиных — дроздовидная камышевка. На островах залива Матсалу и пролива Вяйнамери гнездятся колониями чайковые птицы: наиболее многочисленны — обыкновенная чайка, обычны чайки малая и серебристая, крачки (черная, речная и полярная). На пролете встречаются кулики (фифи, большой улит, щеголь, белохвостый песочник, чернозобик, золотистая ржанка, тулес). Для лесов типичны серая куропатка, сизоворонка, чечевица, иволга, дрозд-белобровик, жулан; для пойменных лугов — чибис, большой кроншнеп, желтая трясогузка и полевой жаворонок.
Из млекопитающих чаще всего встречается европейская косуля, реже — лось и дикий кабан. Обычны лисица, енотовидная собака, заяц-русак, еж, крот, бурозубки, особенно многочисленна на островах водяная крыса.