Юстинас Марцинкявичус родился в крестьянской семье, окончил историко-филологический факультет Вильнюсского университета (1954). Его первый сборник стихов «Прошу слова» был опубликован в 1955 году. Поэма «Двадцатая весна» (1956; Государственная премия Литвы, 1957) посвящена жизни литовской молодежи в послевоенные годы. В 1957 году поэт был принят в КПСС, позднее был секретарем правления Союза писателей Литвы, заместителем председателя Союза писателей Литвы. Повесть «Сосна, которая смеялась» (1961) о нравственном возмужании молодежи позднее воспринималась как пасквиль на прозападную ориентацию литовской интеллигенции.
Поэма «Кровь и пепел» (1960) посвящена жертвам преступлений нацистов, «Публицистическая поэма» (1961), сборники стихов «Руки, делящие хлеб» (1963), «Деревянные мосты» (1966), «Пылающий куст» (1968), «Нежное прикосновение жизни» (1978), сборник лирических миниатюр «Дневник без дат» (1981) затрагивают философские и общественно-этические проблемы современности, характерны символической образностью. Книги «Скорая помощь», «Война грибов» предназначены для детей. Драматические поэмы «Донелайтис» (1964), «Стена» (1965), драмы «Миндаугас» (1968; Государственная премия Литвы, 1969), «Собор» (1971) составили тетралогию об исторических судьбах литовского народа. Поэт переводил на литовский язык произведения А.С. Пушкина, С.А. Есенина, Адама Мицкевича, эстонский народный эпос «Калевипоэг», карело-финский народный эпос «Калевала». В годы перестройки писатель участвовал в руководстве Саюдиса. Ю. Марцинкявичюс был похоронен на Антакальнисском кладбище в Вильнюсе.