Маркако́льский запове́дник, расположен в горах Алтая, в Восточно-Казахстанской области Казахстана. Основан в 1976 году, площадь более 71 тысяч га, 43950 га занимают водоемы, 5521 га — леса, 2194 — луга. Рельеф территории горный, максимальная абсолютная высота около 3700 м над уровнем моря. Заповедник занимает большую часть высокогорного озера Маркаколь (1495 м), расположенного в межгорной впадине между Курчумским хребтом и хребтом Азутау. Максимальная глубина озера 23, 8 м. В озеро впадают многочисленные горные речки, наиболее крупные — Матабай, Байбаксу, Урунхайка, Тихушка, Тополевка, Еловка, Верхняя Еловка, Карабулак. Вытекает из озера одна речка Кальджир.
Заповедник расположен в регионе, подверженном влиянию трех различных типов климата: резко континентального монгольского, степей и полупустынь Средней Азии, континентального западносибирского. Характерен континентальный тип годового и суточного хода температур воздуха. Средняя температура июля 14, 1 °С (максимальная 40 °С), средняя температура января –4 °С, среднегодовое количество осадков 250-550 мм (в зависимости от высоты местности над уровнем моря).
В заповеднике преобладают каменистые и мохово-кустарниковые тундры; также представлены кобрезиевые, альпийские и субальпийские луга; лиственные редколесья, светлохвойная тайга (сосна обыкновенная, лиственница сибирская); разнотравные злаковые степи, пойменные осоковые луга, болота. В заповеднике обитают 39 видов млекопитающих, в том числе: белка, барс, рысь, косуля, марал. Из птиц — розовый пеликан, цапли (серая и белая), тетерев, глухарь, рябчик, белая куропатка.