Монастырь основан сербским деспотом Стефаном Лазаревичем, центральный Собор Св. Троицы был построен и расписан в 1407-1418 гг.
С конца 17 в. Манасия становится центром сербского ученого монашества, местная школа письма получила название Ресава. Еще в 1456 Манасия была сожжена турками, однако затем восстановлена. С 1718 монастырь находился во владении Австрии, был значительно разрушен. Полностью восстановлен к 1845. Монастырь знаменит своими фресками 15 в. и мощными средневековыми башнями.