Основан в Любляне в 1595-96 как иезуитский колледж (на его базе были основаны философский и теологический факультеты), подвергался реорганизации в 1809-10 (были организованы «Центральные Школы» по образцу Парижского университета), когда власти пришел Наполеон, однако, после возвращения Любляны Австрийской империи, преобразования были частично отменены. В 1919 получил статус университета и был реорганизован. В 1919 были открыты следующие факультеты: юридический, философский, технологический, теологический и медицинский. В Люблянском университете в разное время учились и работали Ф. Цвиттер, Б. Графенауэр, Р. Нахтигал, М. Кос, М. Видмар, Н. Радойчич, С. Илешич, С. Косовел, Б. Брецель.
В 2004 в университете обучалось 56 тыс студентов; университет включал 3 академии (музыки; театра, радио, кинофильмов и телевидения; изящных искусств) и 22 факультета: биотехнологический; экономический; архитектуры; социологический; электротехнический; фармацевтический; градостроительства и геодезии; химии и химической технологии; математики и физики; навигации и транспорта; компьютерных и информационных технологий; социальной работы; инженерно-строительный; спорта; государственного управления; философский; медицинский; естественнонаучный; педагогический; юридический; теологический; ветеринарный.