Кызылсу́йский запове́дник, расположен в юго-западных отрогах Гиссарского хребта Памиро-Алая, в бассейне реки Кызылдарья, в Кашкадарьинская области Узбекистана. Основан в 1975 году. Площадь более 30 тысяч га, 21517 га занимают леса, 87 га — луга.
Рельеф горный, характерны ущелья с отвесными склонами, встречаются живописные скалы, водопады. Абсолютные высоты от 1800 до 4000 м над уровнем моря. На территории заповедника находятся два небольших высокогорных озера; карстовые пещеры, самая крупная — пещера Тамерлана (высота 10-15 м, ширина 8-10 м, протяженность 625 м, заканчивается высокогорным подземным озером). Климат континентальный, средняя температура июля 20-24 °С, средняя температура января –12–16 °С, среднегодовое количество осадков 385 мм.
Растительность имеет выраженную высотную поясность: пояс тау (1800-2400 м над уровнем моря) сменяется поясом яйлау (2400 м и выше). В поясе тау преобладает древесно-кустарниковая растительность, основная лесообразующая порода — арча, с примесью клена туркестанского, жимолости, барбариса, шиповника. Для пояса яйлау характерны формации арчевого стланика и высокогорных лугов.
Животный мир богат и разнообразен, зарегистрировано 28 видов млекопитающих и 80 видов птиц. Характерны заяц-толай, длиннохвостый сурок, дикобраз, волк, лисица, белокоготный медведь, ласка, куница, барсук, туркестанские подвиды выдры и рыси, снежный барс, кабан, сибирский горный козел. Из птиц — бородач, белоголовый сип, грифы (снежный и черный), беркут, орлан-длиннохвост, обыкновенная пустельга, филин, кеклик, гималайский улар, голуби (сизый и скалистый), вяхирь, сплюшка, удод, поползень, оляпки (обыкновенная и бурая). Из пресмыкающихся — туркестанская агама, азиатский гологлаз, обыкновенный щитомордник.