Кобая́си Макото (Makoto Kobayashi) (р. 7 апреля 1944, Нагоя) — японский физик, лауреат Нобелевской премии по физике (2008), соавтор гипотезы, предполагавшей существование третьего поколения кварков.
Макото Кобаяси окончил Университет Нагои, там же защитил докторскую диссертацию (1972), затем работал в Киотском университете. В 1973 году вместе с Тосихиде Маскавой он опубликовал статью, в которой была предложена матрица Кабиббо-Кобаяси-Маскавы, определяющая параметры смешивания кварков. Японские ученые предположили третьего поколения кварков, которое было экспериментально подтверждено через четыре года открытием b-кварка. С 1979 года Макото Кобаяси работал в Национальной лаборатории физики высоких энергий (Япония), в 2003 году был назначен директором Института исследований частиц и ядра, в 2006 году вышел на пенсию. В 2008 году Т. Маскава и М. Кобаяси удостоились Нобелевской премии за открытие причин нарушения симметрии, из которых можно сделать вывод о существовании по крайней мере трех семейств кварков.