Сложены преимущественно гнейсами, гранитами, кварцитами. Острые гребни, скалистые, крутые склоны, глубокие ущелья. Несколько десятков ледников, самые крупные из которых до 15 км длиной. Общая площадь оледенения 2258 км2. С Музтагата (Музтаг-ата) спускается 16 ледников, самый крупный — Коксель (около 21 км). На севере — горные степи, на юге и востоке — полупустыни и пустыни, в долинах рек — тугайные заросли.