Основан в 1908 на частные средства, как центр национальной образования (британские власти оказывали значительное противодействие). В 1925 преобразован в государственный университет и подчинен министерству народного просвещения. После революции 1952 Каирский университет получил существенную поддержку государства, расширил контингент студентов, в том числе из арабских государств. Значительно увеличилось число студентов естественнонаучных факультетов, проделана огромная работа по созданию учебных пособий на арабском языке. В 1938 в Александрии был создан филиал университета, на базе которого в 1942 открыт Александрийский университет. В 1955 филиал Каирского университета был открыт в Хартуме (Судан), в 1962 создан филиал в г. Эль-Мансура (медицинский факультет). В университете учился египетский писатель и ученый Таха Хусейн, создавший впоследствии кафедру классической филологии.
В 2005 в университете обучалось около 155 тыс студентов, работало свыше 5, 5 тыс преподавателей и 12 тыс сотрудников. Преподавание ведется в основном на арабском языке, на естественно-технических факультетах — и на английском и французском языках.
В состав университета входят 23 факультета: сельскохозяйственный; археологический; художественный; торговли; информатики и компьютерных технологий; «Дар аль-Улюм» (факультет арабской филологии); стоматологический; экономики и политики; инженерный; юридический; средств массовой информации; медицинский; фармакологический; физиотерапевтический; регионального и городского планирования; естественнонаучный; ветеринарный; институт Африки; институт медицинского обслуживания; педагогический институт; институт статистики; национальный институт рака; национальный институт лазера; а также свыше 100 научно-исследовательских центров и лабораторий; студенческая больница; океанографический институт в Суэце, биологическая станция на Красном море (Эль-Гурдака), Хелуанская астрономическая обсерватория, университетская библиотека (основана в 1932, свыше 500 тыс томов) и филиалы в городах Хартум (Судан), Файюм, Бени-Суэф.
В университете в разное время учились А. Р. Турки, Р. А. Караме, М. З. Гонейм, Ю. Идрис, М. Мандур, Н. Махфуз, Х. Мохиэддин, А. Шаркауи (аш-Шаркави); работали В. С. Голенищев, Г. Юнкер, Йозеф Шахт.