Институ́т биохи́мии и физиоло́гии микрооргани́змов(ИБФМ РАН) — научно-исследовательский институт Российской академии наук. Основан в 1965 году в Москве, с 1966 года — в Пущинском научном центре РАН. В институте были созданы лаборатории, сыгравшие важную роль в становлении и развитии отечественной микробиологии и биотехнологии. Руководство этими лабораториями и отдельными направлениями осуществляли и осуществляют ученые, имеющие мировое признание: Н. Д. Иерусалимский, Г. К. Скрябин, А. А. Баев, Л. В. Калакуцкий, А. М. Боронин, И. С. Кулаев и др. С их именами связаны крупные вехи развития биохимии, микробиологии, молекулярной биологии и биотехнологии в России. Два подразделения Института — Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ) и Опытно-технологическая установка (ОТУ) включены в «Перечень уникальных научно-исследовательских и экспериментальных установок национальной значимости».
В фондах ВКМ хранится и поддерживается более 14 тысяч микробных культур, что составляет около 70% от видового фонда России, 82 % видов имеются только в ВКМ, которая является международным органом по депонированию микроорганизмов. Созданы и опубликованы Указатели и Каталоги микроорганизмов. Фонд поддерживаемого видового микробного разнообразия является самым крупным в России.
ОТУ является уникальной по совокупности параметров базой для разработки широкого спектра биотехнологий для промышленного получения препаратов на основе микробиологического синтеза. При этом основное внимание уделяется наукоемким технологиям. Разработанные технологии могут использоваться в различных сферах деятельности — медицине, ветеринарии, растениеводстве, пищевой промышленности.
С самого начала организации института исследования фундаментального характера тесно соседствовали с созданием научных основ биотехнологии, а в последние годы — биотехнологии защиты окружающей среды: большое значение при этом придавалось развитию молекулярной биологии, генетики и биоинженерии, а также коллекционированию микробного разнообразия. В настоящее время ИБФМ участвует в выполнении работ по 60 отечественным и 16 международным грантам и программам.