Изоля́ция (от франц. «isolation» — отделение, разобщение), в биологии любые причины, препятствующие свободному скрещиванию и образованию плодовитого потомства между особями разных популяций. Изоляция обеспечивает генетическую самостоятельность видов, поэтому многие видовые критерии явно или неявно описывают различные способы изоляции.
Изоляция может быть пространственной, экологической, этологической, физиологической, механической и генетической. Например, этологические изолирующие механизмы у пауков основаны на видоспецифическом подавлении самцом агрессивного поведения самки, а у жуков-светляков — на привлечении самки характерными световыми сигналами. Если изолирующие механизмы внешне не выражены, говорят о видах-двойниках. Так, домовые мыши представлены несколькими видами-двойниками, различающимися числом хромосом. В природе чаще встречается пространственная (географическая или биотопическая) изоляция, не требующая больших энергетических затрат. Значительно менее распространены варианты генетической изоляции, связанные со стерильностью гибридных особей. В этом случае в популяции происходит избыточный расход ресурсов среды и половых клеток, воспроизведение которых также требует затрат. Вместе с тем, нескрещиваемость отдельных особей может быть индивидуальной и не связана с действием общих изолирующих механизмов.
Видовое богатство конкретной группы организмов прямо зависит от разнообразия возможных изолирующих механизмов. Так, у насекомых, в связи с их небольшими размерами, сложно устроенными наружным скелетом и нервной системой, развитыми органами чувств и внутренним оплодотворением легко реализуются практически все перечисленные ранее способы изоляции. При этом число вариантов, например, экологической изоляции весьма велико: на одном дереве сосны может обитать до 28 видов жуков-короедов, специализированных к разным участкам ствола, ветвей, слоям коры и древесины и т. п. Видовое разнообразие насекомых оценивается в 3 млн. видов. У земноводных, напротив, механические, и, нередко, экологические изоляционные механизмы мало эффективны, а число видов значительно меньше — около 4000.