Гетерохромати́н — вещество хромосом, сохраняющее компактную (спирализованную) структуру на всех стадиях клеточного цикла. Гетерохроматин практически не содержит нормальных генов, а в тех генах, которые попадают в гетерохроматин в результате перестроек хромосом, транскрипция исчезает. Большинство гетерохроматированных участков конденсированы и неактивны во всех клетках (конститутивный гетерохроматин), хотя другие, например икс-хромосома, могут быть как конденсированными и неактивными, так и деконденсированными и активными (факультативный гетерохроматин). Гетерохроматин характерен для половых хромосом многих видов животных. Во время митоза гетерохроматин окрашивается сильнее или слабее, чем эухроматин (явление положительного или отрицательного гетеропикноза). В процесс гетерохроматизации могут быть вовлечены протяженные участки хромосом и целые хромосомы.