Генера́льная войскова́я канцеля́рия — высшее военное и административное учреждение на Левобережной Украине с середины 17 века до 1764 года. Генеральная войсковая канцелярия располагалась в резиденциях украинских гетманов; при Богдане Хмельницком в Чигирине, в 1669-1708 годах в Батурине. В состав Генеральной войсковой канцелярии входила вся генеральная старшина, за исключением войскового судьи.
После смерти гетмана Ивана Скоропадского (1722) царское правительство не разрешило выбрать нового гетмана, а передало управление Левобережной Украиной Генеральной войсковой канцелярии, которая также стала осуществлять надзор за решениями Генерального суда по уголовным и политическим делам. Деятельность Генеральной войсковой канцелярии контролировалась Малороссийской коллегией. При Данииле Апостоле (1727-1734) она была вновь подчинена гетману. С 1734 года Генеральная войсковая канцелярия была преобразована в Правление гетманского уряда в составе трех офицеров, назначаемых царским правительством, и трех выборных представителей высшей казацкой старшины. Правительством назначался и председатель правления, который единолично решал наиболее важные дела. При гетмане К. Г. Разумовском (1750-1764) Генеральная войсковая канцелярия была восстановлена. Она подчинялась Сенату через Контору малороссийских дел и была окончательно ликвидирована после упразднения гетманства (1764).