Основан в 1918 колониальными властями Французского Индокитая в г. Ханой, как Университет Индокитая. В 1939/40 учебном году в нем обучалось 623 студента. После победы Августовской революции 1945 во Вьетнаме и провозглашения Демократической Республики Вьетнам университет реорганизуется на демократических началах, приобретает современное название. В 1954-55 на его базе созданы институты: литературный, медико-фармацевтический, педагогический, сельского и лесного хозяйства, с 1956 начал работу фактически новый Ханойский университет в составе факультетов: биологический, общественных наук, физико-математический, химический. В 1975/76 учебном году университет имел факультеты: общественных наук, физический, математический, химический, биологический, геологии и географии, исторический, филологический, вьетнамского языка; в нем работало свыше 250 преподавателей и обучалось более 4 тыс студентов. В 1993 Ханойский университет слился с педагогическим институтом и другими высшими учебными заведениями, образовав Вьетнамский национальный университет.
В 2005 в Вьетнамском Национальном университете обучалось свыше 10 тыс студентов, в его состав входили 4 колледжа (естественных наук, общественных наук, иностранных языков, прикладных наук и технологий), 3 факультета (экономический, юридический, педагогический), Школа бизнеса, Международная Школа, Школа повышения квалификации. Кроме того, университет располагает различными научно-исследовательскими институтами и центрами, исследовательскими лабораториями, университетской библиотекой (1 млн томов). В 2002, благодаря специальному межправительственному соглашению, в университете был учрежден также международный российско-вьетнамский институт (готовит специалистов с высшим образованием, а также кандидатов и докторов наук по программам и стандартам российского образования). Вьетнамский национальный университет имеет широкие связи со многими российскими вузами, прежде всего с Дальневосточным университетом.